Neljästä omaleimaisesta kirkkoalueesta koostuva Pöytyän seurakunta on monen muun seurakunnan tavoin merkittävä kiinteistönomistaja ja arvokkaan kulttuuriperinnön sekä paikallisidentiteetin vaalija. Kirkkovaltuuston hyväksymässä kiinteistöstrategiassa koetetaan nämä sovittaa yhteen seurakunnan talous- ja tulevaisuusnäkymien kanssa. Strategia on laadittu kymmeneksi vuodeksi eteenpäin.
Strategiassa on päädytty johtopäätökseen, ettei seurakunnan ole tarkoituksenmukaista pitää omistuksessaan kaikkea nykyistä kiinteistömassaa hamaan tulevaisuuteen asti. Toimitilojen käyttö- ja ylläpitokulujen pitää olla kohtuullisia. Merkittävin myyntilistalle päätynyt kiinteistö on Pöytyän kirkonkylässä oleva kirkkoherranvirasto.
Seurakunnan lähivuosien suurponnistuksiin kuuluu Pöytyän kirkon peruskorjaus. Muutkin arvokkaat kirkkorakennukset vaativat luonnollisesti jatkuvaa ylläpitoa ja teknistä päivitystä muun muassa lämmitysjärjestelmien osalta.
Seurakunnan suurin taloudellinen uhka liittyy jo vuosia jatkuneeseen jäsenmäärän vähenemiseen. Väestöennusteen mukaan Pöytyän seurakunnan kirkollisveroa maksavien määrä olisi 4 666 henkilöä vuonna 2030. Tällä hetkellä määrä on puolisen tuhatta suurempi. Ennuste on ennuste, mutta tilannetta pitää seurata tarkasti. Joustava reagointivalmius auttaa, jos tilanne sitä edellyttää. Veroprosentti on jo nykyisellään yli valtakunnallisen keskiarvon.
Seurakunnan ilonaihe on mittava metsäomaisuus, josta kertyy vuosittaista tuottoa. Seurakunnan metsiä onkin jo pitkään hoidettu suunnitelmallisella tavalla.